Schwester Aloysus leitet despotisch eine kirchliche Schule, an der Vater Flynn und Schwester James als Lehrer arbeiten. Sie hat allerdings ihre Zweifel an der moralischen Integrität des Priesters und lässt Schwester James ein Auge auf ihn haben. Als diese ihr meldet, sie habe beobachtet, wie einer der Messdiener Flynns sich merkwürdig verhalte, verdächtigt Schwester Aloysus Vater Flynn, den Knaben zu missbrauchen.

Was folgt, ist eine Hexenjagd mit umgekehrten Vorzeichen: Aloysius stellt Flynn zur Rede. Der streitet alles ab, erklärt die Umstände, gibt glaubwürdige Gründe für sein Verhalten. Doch Aloysus misstraut ihm weiterhin. Sie lädt die Mutter des Jungen zu einem Gespräch, diese hat jedoch kein Interesse an einem Skandal und will nichts sehen und hören. Aber Schwester Aloysus gräbt unerbittlich weiter in Vater Flynns Vergangenheit, nährt ihren Verdacht und führt ihren mitleidlosen Rachefeldzug gegen einen Mann, an dessen Sündhaftigkeit sie unumstößlich glaubt.

Zweifel (Doubt) ist ein Stück von heute über Religionsprobleme und Bildungsmisere, über Gleichberechtigung und den Kampf der Geschlechter. Es ist ein Stück über Homosexualität und Homophobie, über Kindesmissbrauch und den Missbrauch Schutzbefohlener, über Misstrauen und blindes Vertrauen.

Die geradezu inquisitorische Weise, in der Schwester Aloysus ihren einmal geschöpften, äußerst vagen Verdacht verfolgt, ihn schließlich „bestätigt“ sieht und in Konsequenzen münden lässt, erinnert auch an den Verlust bürgerlicher Freiheiten. In jedem Fall hat John Patrick Shanley mit seinen Fragen über den Umgang mit Verdacht, Schuld und Verurteilung ein intelligentes und provokantes Stück vorgelegt.